「フラット35」の仕組みを見てみましょう。

住宅金融支援機構は、政府系の金融機関ですが、税金で住宅ローンの資金を出しているわけではありません。
市場から資金を調達します。
債券を発行して、金融機関などの機関投資家から資金を調達しています。
この仕組みを見ると、金融機関から直接借りるよりも金利が高くなってしまうように思います。
しかし、実際には銀行独自の長期固定金利よりも低くなっています。
なぜ低い住宅ローンが実現できるのかというと、住宅金融支援機構が〝政府系の金融機関である〟という信用で、低い金利で長期の資金を調達できるからです。
一般の個人は信用がありませんので、お金を借りようとするとその分、金利が高くなってしまいます。
ましてや、長期の固定金利となると、金利が上昇して自分（お金の貸し手）が損することを心配し、扱いたがりません。
そこで、政府系の金融機関が、その信用力で市場から低い金利で資金を調達して、住宅を購入したい個人に提供します。
万が一、借り手である個人が返済不能となった場合のリスクは、住宅金融支援機構が請け負うことになります。窓口となる金融機関は、あくまで取扱いの窓口でしかありません。
住宅金融支援機構からお金を借りているわけではありませんので、住宅ローンを組んだ個人が返済不能となっても、損失を被ることはありませんし、金利上昇のリスクも負わなくて済みます。
それでは、どうして、窓口となっている金融機関によって金利が違うのかというと、それは金融機関の取扱い手数料分を金利に上乗せしているからです。
この手数料の上乗せ幅を、各金融機関が独自に決めてよいことになっていますので、取扱い金融機関によって「フラット35」の金利が異なるのです。